Poznatom američkom kriminalcu koji je ušao u povijest kao jedna od najpoznatijih ikona popularne kulture 20. stoljeća nisu presudila mnogobrojna ubojstva već prevara poreznog sustava. U optužnici koju je pripremilo ministarstvo financija su se pored Caponea našli njegov brat Ralph “Bottles“ Capone, Jake “Greasy Thumb“ Guzik, Frank Nitti i još neki Caponeovi saradnici.

Još u ljeto 1931. godine Capone je priznao utaju poreza i iskorištavanje prohibicije. Dana 18. listopada 1931. godine Capone je osuđen na 11 godina u federalnom zatvoru i 50.000 $ novčane kazne. Sudski troškovi su ga koštali 7.692 $ i morao je platiti 215.000 $ poreza. Kasnije je izjavio da je imao dogovor sa sucem da će odležati samo 2,5 godine.

Zbog žalbe je poslan u okružni zatvor Cook, a nakon što je žalba odbijena, poslan je u Alcatraz, otok-kaznionicu blizu San Franciska. U Alcatrazu mu nije bilo nimalo lako, iako je ima financijsku pomoć izvana, i neke mafijaške prijatelje, nekoliko puta u ga pokušali ubiti – bio je uboden u leđa, bilo je pokušaja trovanja i davljenja.