Šibenik se prvi put spominje na Božić 1066. godine u darovnici kralja Petra Krešimira IV. pa se zato naziva i Krešimirovim gradom. Počeo se razvijati iz naselja podno tvrđave sv. Mihovila koja se uzdiže na strmoj litici iznad grada. Status grada dobio je 1169. godine.

Nakon što je Dalmacija prodana Mlecima, Šibenik 1412. dolazi pod vlast Venecije. Uslijed teških ratova s Turcima radi obrane od Osmanlija grade se fortifikacijski sustavi. Kuga je sredinom 16. stoljeća desetkovala grad i uzrokovala njegovo dugotrajno nazadovanje te spor oporavak. Nakon propasti Venecije, 1797. godine Šibenik, ulazi u sastav Habsburške Monarhije, u čijem okviru ostaje do kraja Prvog svjetskog rata.

Nakon toga dolazi do talijanske okupacije koja je potrajala sve do 1921. godine, kada je grad priključen Kraljevini SHS. No, 1941. godine Šibenik ponovno zauzimaju Talijani, a nakon kapitulacije Italije u Drugom svjetskom ratu formalnu vlast preuzima NDH. Tijekom Drugog svjetskog rata saveznici su bombardirali grad prilikom čega je Gradska vijećnica srušena do temelja.

Za vrijeme socijalističke Jugoslavije u gradu se otvaraju nove tvornice i pogoni slijedom čega je procvjetalo gospodarstvo no sve se to mijenja nakon novih geopolitičkih promjena. Nakon Domovinskog rata grad se polako okreće turizmu pa je danas jedna od najatraktivnijih turističkih destinacija u Hrvatskoj.