U zaštitu prirode i životinja na području Indonezije napore ulažu i mnoge nevladine organizacije.

Organizacija Swara Owa su usredotočila na zaštitu gibona i ptičjih vrsta, koje pokušava vratiti u neka u stara staništa i ekosisteme. Koncept bioraznolikosti zagovara baš takve principe očuvanje i uvođenja vrsta.

Grupa mladih ljudi ulaže napore u tom smjeru te ističu da su “giboni i drugi primati prvi i pravi zaštitnici prašume”.

Java je najgušće naseljeni otok na području Indonezije te se tu bilježi i velik broj slučajeva nezakonite sječe drveća, a otkriva se da je i lov postao sve popularniji u zadnje vrijeme. Iako brojni ljudi u Indoneziji žive od resursa, koje pruža tropska šuma, organizacija preporučuje druge aktivnosti, kao što je povrtlarstvo, uzgoj kave, peradi ili pčelarstvo.