Rođen u Tovarniku 13. lipnja 1873. godine, na petak trinaesti, pa je babica na porodu njegovoj majci rekla da će joj sin biti veliki čovjek čije će se ime često spominjati, ali će u životu morati mnogo toga pretrpjeti, pozivajući se vjerojatno na narodna vjerovanja. Obitelj Matoš vodi porijeklo iz Kaćmara, mjesta gdje su se doselili u 18. vijeku iz Turjaka koji se nalazi južno od Sinja. Još dalji preci porijeklom su iz Rume koja se nalazi u Hercegovini.

Njegov djed zvao se Grgur Matoš. Po zanimanju je bio učitelj. Baka mu je bila Mađarica imena Ersebeth Orovecz iz Kaćmara. Otac mu se zvao August. Matošev otac je nakon završene učiteljske škole u Đakovu radio kao učitelj u Našicama, gdje je upoznao njegovu majku i oženio se. Majka mu je Njemica Marija Schams. Djed sa majčine strane zvao se Franjo Schams, a po zanimanju je bio istaknuti farmaceut i pisac velikog niza cijenjenih dijela o vinogradarstvu Hrvatske i Mađarske. Matoš je imao brata koji se zvao Feliks, a koji je umro 1877. godine.

Obitelj se preselila u Zagreb 1875. godine, kada je otac tamo premješten u učiteljsku školu. Po Zagrebu su se nekoliko puta, kao podstanari, selili dok nisu 1885. godine kupili manju kuću, te na tom mjestu sagradili 1904. godine dvokatnicu, koja je sačuvana do danas. U Zagrebu se obitelj proširila kada je 1876. godine rođena Matoševa sestra Danica, kasnije poznata operna solistica i pijanistica, profesorica u muzičkoj školi; brat Leon rođen je 1878. godine, kasnije je postao profesor geografije; brat Milan rođen je 1884. godine, kasnije je po zanimanju bio financijski činovnik, a poslije Matoševe smrti preuzeo je brigu o njegovim djelima i rukopisima.