Njegovo ubojstvo nije bilo skroz neočekivano, uzimajući u obzir nasilje i homofobiju koji su karakterizirali tadašnju američku politiku prema seksualnim manjinama. Ubojica je bio bivši policajac Dan White, porota na suđenju je bila sastavljena uglavnom od lokalnih katolika, a ljudima iz gay populacije bilo je zabranjeno ući u porotu. White nije osuđen za ubojstvo s predumišljajem, kao što se očekivalo, već za lakše krivično djelo ubojstva bez predumišljaja. Branitelj je iznio obranu u kojoj je naveo da se tuženi ne može smatrati odgovornim za svoje postupke zbog velike količine junk fooda koju je pojeo tog dana, a koje su sadržale velike količine šećera.

White je dobio kaznu manju od osam godina zatvora, što je dovelo do uličnih protesta, koji su postali poznati kao White Night Riots. Dan White je pušten nakon pet godina iz zatvora, te se ubio nakon dvije godine.

Harvey Milku je posthumno 2009. dodijeljena Predsjednička medalja slobode, a časopis Time ga je svrstao među 100 najmarkantnijih ličnosti 20. stoljeća. Kažu da njegov duh i dalje lebdi nad četvrti Castro, središtem homoseksualne zajednice San Francisca.